杂环类分子砌块:包括芳香杂环和非芳香杂环分子砌块,芳香杂环包括吡啶类、嘧啶类、等六元芳香杂环,噻吩类、呋喃类、吡咯类等五元芳香杂环等;非芳香杂环包括四氢呋喃类、吡咯烷类等。

苯环类分子砌块:包括苯类、萘类、蒽类等母环结构的分子砌块。

脂肪族类分子砌块:包括脂肪环和非脂肪环分子砌块。代表性的有环戊烷类、环已烷类等环烷类化合物,螺环类,桥环类,并环类等非杂环化合物。